ニガイグチモドキの傘表皮は、無色の菌糸と、部分的に褐色を帯びた菌糸とで構成されている。たんなる当て推量だが、褐色の細胞が多いと傘の色が濃く見え、無色の細胞が多いとベージュ色っぽい淡色に見えるのかもしれない。
下の写真のほうがわかりやすいが、細胞中には黄色を帯びた油球が見られる。この黄色も傘の色味に関係しているかもしれない。